Lễ hội chùa diễn ra vào ngày 12 tháng Giêng âm lịch hằng năm.[19] Tương truyền, Đức Thánh Bối khi còn sống vẫn đi lại giữa hai làng Tiên Lữ (làng Sở) và làng Bối Khê chỉ bằng vài bước chân.[33] Đến năm 95 tuổi, Nhà sư Nguyễn Bình An cho đóng khám gỗ. Đêm 12 rạng ngày 13 tháng Chạp vào khám ngồi và dặn đệ tử là sau một trăm ngày thì mở ra xem, nếu thấy thơm thì rút mây làm tượng thờ, mà thối thì đổ ra sông Cái. Nhưng mới 21 ngày, dân đã hé khám xem. Thấy hào quang và hương thơm bèn kéo nhau lên chùa làm lễ. Hôm ấy là ngày mồng 4 tháng Giêng. Dân Bối Khê nghe tin cũng kéo lên, xin rước thi hài Thánh về quê Bối Khê, nhưng dân làng Sở không nghe. Cuối cùng, ngày 12 tháng Giêng, dân Bối Khê bèn xin duệ hiệu và rước bát nhang về thờ vọng. Từ đó dẫn đến việc kết chạ giữa hai làng Bối Khê - Tiên Lữ và là thành tố quan trọng của hội chùa Trăm Gian cũng như hội chùa Bối Khê.[21]

Sự giao hảo kết chạ giữa hai làng Bối Khê và Tiên Lữ trải qua thời gian vẫn được duy trì cho đến nay. Sáng ngày mồng 4 tháng Giêng, đoàn đại biểu Bối Khê sang dự hội chùa Trăm Gian gồm 8 cụ ông và 8 cụ bà. Đoàn sang, được dân Tiên Lữ gọi là các cụ “sãi quan anh”. Đến hội chùa Bối Khê 12 tháng Giêng, đoàn đại biểu của “tứ bích” Tiên Lữ gồm đại diện 4 thôn: Nội, Thượng, Phương Khê (xã Tiên Phương, Chương Mỹ) và thôn Thổ Ngõa (xã Tân Hòa, Quốc Oai), sang dự cũng có số người như vậy và cũng được gọi là “sãi quan anh”.[21]

Khi đón tiếp dân anh Bối Khê, làng Tiên Lữ bình chọn trong “tứ bích” mỗi thôn 2 người: phải là người cao tuổi, có uy tín trong dân, đạo cao đức trọng, đủ tư cách để tiếp các cụ sãi quan anh. Khi tiếp chuyện phải nói năng từ tốn, lễ độ, nhún nhường hàn huyên thân tình sau một năm xa cách. Việc đón tiếp dân anh gọi là chứa sãi. Chi phí chứa sãi được lấy từ 7 sào ruộng do làng cấp để tổ chức 2 bữa cơm (trưa ngày mồng 4, sáng ngày mồng 5) và một bữa nước (tối ngày mồng 4). Cỗ chứa sãi rất to, bày trên mâm vuông, hai tầng với đầy đủ các món chay như giò, nem, chả, xôi, chè... trưa ngày mồng 5 dân anh Bối Khê lại nhà.[21]

Đến sáng 12 tháng Giêng, “tứ bích” lại cử đoàn sang dự hội chùa Bối Khê. Để đáp lại, dân anh Bối Khê mang pháo sang Tiên Lữ lễ thánh và tặng lan cảnh, các cụ Tiên Lữ lại mang những cây thông giống sang làm quà. Để đón tiếp các cụ sãi quan anh Tiên Lữ, dân Bối Khê cũng chọn đủ 8 người với tiêu chí tương tự như tứ bích. Chi phí chứa sãi ở Bối Khê cũng do dân làng lo đủ để tổ chức 3 bữa cơm nước tương tự. Trưa ngày 13 tháng Giêng, dân anh trở về thì hội Bối Khê cũng đi vào hồi kết.[21]

Trong lễ hội chùa Bối Khê có rước lễ và hội thi đốt pháo đầu xuân trong nghi lễ đánh trống thiêng. Ngoài hội, ở chùa Bối Khê còn có những nghi lễ cầu mưa được tổ chức khi trời nắng mãi không mưa.[21]